同人作品（二次创作作品）一般来说是肯定拥有著作权的。除非是抄袭或单纯复制的作品，否则很容易就达到各国著作权法所规定的“独创性”要求（只要改改排序，搞点设计，连电话本都可以达到这个要求，这标准实在是非常低）。
所以违法上传同人作品肯定是侵犯同人作者的著作权，这个问题是没啥争议的。
但，同人作品本身是否侵犯原作者（作为同人作品原题材的作品之作者）的著作权呢？这个问题往往不慎清晰，在日本因为有那闻名的“Pokemon事件”，更使得同人作者们不敢出来维护自己的利益。这制约了同人作者维权之路。
不过我个人是对同人作品的非侵权性抱乐观态度的，因为日本最高裁曾经判决过：漫画角色无法作为著作权的客体单独得到保护。而考虑到同人作品的特性（发掘角色特性，来XXOO），一般来说都是可以逃出原作品著作权保护范围的。
更何况，像pokemon这样的案件，又有其特殊性，法院是考虑到涉案同人对原作声誉的负面影响（别想骗我，其实毒瘤你是是塞钱了吧！），特别是儿童色情刊物禁止方面的问题。（Pokemon的角色都是儿童啊可没法用什么出场人物年龄18岁以上来蒙混啊）还有原作品本身的社会影响啥的。我认为出现类似案件的可能性是及其稀少的。
一些延伸阅读：漫画キャラクターの著作権保護：http://www.u-pat.com/body12.html
キャラクターは著作物ではない（日本では）：http://blogs.itmedia.co.jp/kurikiyo/2007/04/post_ff62.html
所以赤松健的言论我还是很同意的
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